Perlahan, posisi Pedrosa pun turun ke peringkat kelima. Pebalap pertama yang menggesernya ke posisi kedua adalah rekan setim Lorenzo di Yamaha Racing Factory, Valentino Rossi. Namun The Doctor juga tak bertahan lama sebagai yang tercepat. Pebalap LCR Honda, Stefan Bradl menggesernya ke posisi kedua.
Catatan waktu Bradl kemudian dikalahkan oleh rekan setim Pedrosa, Marc Marquez, sebelum akhirnya Crutchlow mencatatkan waktu tercepat dengan 1 menit 34, 398 detik. Catatan ini tak bisa dikalahkan oleh pebalap lain hingga sesi kualifikasi usai.
Lomba akan dimulai hari Sabtu (29/6/13) pukul 19.00 WIB.
Hasil lengkap kualifikasi MotoGP Belanda:
| Posisi | Pebalap | Tim | Waktu/selisih |
| 1. | Cal Crutchlow | Tech 3 Yamaha | 1 menit 34,398 detik |
| 2. | Marc Marquez | Honda | + 0,357 detik |
| 3. | Stefan Bradl | LCR Honda | + 0,480 detik |
| 4. | Valentino Rossi | Yamaha | + 0,576 detik |
| 5. | Dani Pedrosa | Honda | + 0,608 detik |
| 6. | Bradley Smith | Tech 3 Yamaha | + 1,056 detik |
| 7. | Aleix Espargaro | Aspar Aprilia | + 1,102 detik |
| 8. | Alvaro Bautista | Gresini Honda | + 1,110 detik |
| 9. | Randy de Puniet | Aspar Aprilia | + 1,224 detik |
| 10. | Nicky Hayden | Ducati | + 1,510 detik |
| 11. | Michele Pirro | Pramac Ducati | + 2,468 detik |
| 12. | Jorge Lorenzo | Yamaha | absen |
| 13. | Andrea Iannone | Pramac Ducati | + 2,034 detik |
| 14. | Hector Barbera | Avintia FTR-Kawasaki | + 2,092 detik |
| 15. | Andrea Dovizioso | Ducati | + 2,126 detik |
| 16. | Danilo Petrucci | Ioda-Suter-BMW | + 2,297 detik |
| 17. | Karel Abraham | Cardion Aprilia | + 2,393 detik |
| 18. | Colin Edwards | Forward FTR-Kawasaki | + 2,745 detik |
| 19. | Bryan Staring | Gresini FTR-Honda | + 2,917 detik |
| 20. | Claudio Corti | Forward FTR-Kawasaki | + 3,227 detik |
| 21. | Yonny Hernandez | PBM Aprilia | + 3,383 detik |
| 22. | Michael Laverty | PBM-Aprilia | + 3,980 detik |
| 23. | Lukas Pesek | Ioda-Suter-BMW | + 4,306 detik |
| 24. | Ivan Silva | Avintia FTR-Kawasaki | + 4,679 detik |